サブ・システム

KDKで得られたデータの解析及び保管を目的としてサブ・システムを宇治キャンパスに設置しています。 吉田構内と宇治構内は10 GBのネットワークで接続されています。 (参考:メイン・システムとサブ・システムの間のネットワーク速度は約700 Mbps~1 Gbps(実測)です。)

アカウント

アカウントの発行を希望される方は kdk-admin@rish.kyoto-u.ac.jp に請求してください。

サブ・システムの構成

1号機 akdk3

  • CPU:Intel Xeon E5430 2.66 GHz×8
  • メモリ:24 GB
  • OS:Linux
  • ホスト名:akdk3.rish.kyoto-u.ac.jp   ※所内からakdk3g.rish.kuins.net

2号機 akdk4g

  • CPU:Intel Xeon E5-2643 3.3 GHz×8
  • メモリ:64 GB
  • OS:Linux
  • ホスト名:akdk4g.rish.kuins.net   ※所外からはakdk3を経由してログイン

RAID装置

  • 実効容量
    240 TB

利用可能な有償ソフトウェア

MATLAB 2015a

数値計算、可視化、プログラミング(10ライセンス)

/usr/local/bin/matlab

MATLAB コンパイラ (akdk4gのみ)

MATLAB実行ファイルの作成

/usr/local/bin/mcc

IDL 8.4

可視化、数値計算、プログラミング(6ライセンス)

/usr/local/bin/idl

ライセンス使用状況の確認

/usr/local/itt/idl83/bin/lmstat -a

Tecplot 360 Ver.15(akdk4gのみ)

可視化(5ライセンス)

/usr/local/tecplot/bin/tec360

Intel Fortran XE 2013 (Ver. 14.0.1) (akdk4gのみ)

Fortranプログラムのコンパイル

/opt/intel/bin/ifort

環境設定(cshの場合)

source /opt/intel/bin/ifortvars.csh intel64

環境設定(bashの場合)

. /opt/intel/bin/ifortvars.sh intel64

MPIプログラムのコンパイル

/usr/local/bin/mpif90 (mpif77) source_file...

MPIプログラムの実行

/usr/local/bin/mpirun -np [# of processors] executable_file...

利用可能な無償ソフトウェアの例

VisIT 2.7.2

3次元可視化ソフトウェア

/usr/local/visit/bin/visit

VisIT公式ウェブページ
作例集

Paraview 4.1.0

3次元可視化ソフトウェア

/usr/local/paraview/bin/paraview

Paraview公式ウェブページ
作例集

利用方法

ローカルのX Windowサーバーを用いる場合

1) ローカルのX Windowサーバーを起動します。

(例)cygwinを用いる場合

startxwin
2) 1号機にログインします。
ssh akdk3.rish.kyoto-u.ac.jp -X

原則として.jpドメインからのみ接続を許可しています。 .jpドメイン以外からの接続を希望される場合はKDK管理室までご連絡ください。

VNCを用いる場合

1) 準備編

1-1) 1号機にログイン
ssh akdk3.rish.kyoto-u.ac.jp
1-2) VNC用のパスワードを設定(最初に1度だけ実行)
vncpasswd
1-3) 環境ファイルをコピー(最初に1度だけ実行)
cp /etc/X11/xinit/Xsession ~/.vnc/xstartup
1-4) VNCサーバーを起動
vncserver

コロン「:」で始まるサーバー識別番号nが表示されますので覚えておきます。VNCサーバーを起動したらログアウトしても構いません。
VNCサーバーを起動するとシステムのシャットダウンまで動き続けます。VNCサーバーはメモリを大量に消費するので、一人一つまでとしてください。

-geometry オプションを付けることにより、画面ピクセル数を変えることができます。
(例:画面ピクセル数を1920×1080でVNCサーバーを起動する)

vncserver -geometry 1920x1080

2) 利用編

以降、サーバー識別番号をnとします。

2-1) Port forwarding機能を付けて1号機にsshでログイン

(例:Windowsのcygwinを用いる場合)

ssh akdk3.rish.kyoto-u.ac.jp -L 590n:localhost:590n

(例:WindowsのPuTTYを用いる場合)
PuTTY で SSH 接続

サーバー識別番号nを忘れた時は、以下のコマンドで調べることができます。

showvnc
2-2) VNC Viewerを用いてサーバーに接続

接続先:localhost:n
VNC Viewerの例:Ultra VNC

3) 終了編

一度VNCサーバーを起動するとシステムのシャットダウンまで動き続けます。 VNCサーバーは多くのメモリを消費するプログラムですので、VNCサーバーは一人一つまでとしてください。

3-1) 起動しているVNCサーバーの識別番号と個数を調べる
showvnc
3-2) VNCサーバーを停止する
vncserver -kill :n
サブ・システム.txt · 最終更新: 2015/05/22 07:55 by akdk